提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
“欢乐春节”活动走进美马里兰州 深受学生和社区民众喜爱******
中国日报华盛顿1月31日电 美东时间1月30日,应美国马里兰州非营利机构“世界艺术家体验”组织邀请,中国驻美国大使馆组织梁红舞蹈学校、凤凰艺苑舞团等大华府地区文化社团走入美国民间、走进社区,在马州首府安纳波利斯市“马里兰创意艺术馆”为学生和社区民众带去精彩的中国文艺演出和手工展示互动,受到热烈欢迎。
为让更多观众有机会欣赏节目,活动组织者安排了中午和晚上两场演出。中午演出主要面向学生,400多名当地中小学生由学校集体组织前来观看。晚上的演出的观众主要是社区居民,数百名市民闻讯前来观看演出,很多系举家出动。
舞台表演既有中国民乐演奏,也有极具中国风的舞蹈演出。葫芦丝、琵琶、二胡等传统中国乐器曲调悠扬、旋律优美、引人入胜。舞蹈演员舞姿优美、舞步婀娜,旗袍、羽毛扇的加持,敦煌艺术、京剧元素的融入,荷花、灯笼等中国文化符号的呈现让整个表演美仑美奂、精彩非凡,令观众目不暇接、连声称赞。
演出结束后,现场观众纷纷起立鼓掌,对演员们的精彩表演喝彩致敬。剧场中掌声、欢呼声经久不息,大家都沉浸在对精彩节目的回味之中,久久不愿离去。
手工展示互动现场人流如梭,络绎不绝。大家一边欣赏现场展示的汉服、木板年画、中国书法作品,一边上手体验剪纸、包饺子、写汉字、印制年画等,不仅要 “看热闹”,而且要“通门道”。
特别值得一提的是,使馆此次专门邀请神经网络科技公司带来充满中国文化特色的两款视频游戏《演灭》和《暗影火炬城》。此项目别具一格,不同年龄的民众竞相试玩,乐在其中。
疫情前,中国驻美使馆每年都会组织演出团体走“洋基层”,深入领区内的学校、社区开展“欢乐春节”活动。此系时隔3年之后,使馆首度在外州以现场方式举办“欢乐春节”文化庆祝活动,赢得了各方高度肯定。(中国日报网)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)